分會(huì)

第三十九分會(huì)：生物物理化學(xué)

摘要

分子模擬軟件是研究生物大分子動(dòng)力學(xué)行為的重要工具，目前應(yīng)用廣泛的分子模擬軟件包括：AMBER（美國(guó)加州大學(xué)），CHARMM（美國(guó)哈佛大學(xué)），NAMD（美國(guó)伊利諾伊大學(xué)），GROMACS（瑞典皇家理工學(xué)院等聯(lián)合開(kāi)發(fā))，ACEMD（英國(guó)帝國(guó)理工學(xué)院等聯(lián)合開(kāi)發(fā)）和PLUMD（法國(guó)巴斯德研究所等聯(lián)合開(kāi)發(fā)）。這些軟件都有著豐富的功能，可以完成分子建模到模擬等一系列工作。而國(guó)內(nèi)分子模擬軟件極為匱乏，這與中國(guó)巨大的應(yīng)用需求是極不相稱(chēng)的。我們致力于開(kāi)發(fā)一款開(kāi)源，可GPU加速，功能完整的生物大分子模擬軟件，具體包含分子動(dòng)力學(xué)，GPU加速，高級(jí)采樣，軌道分析，馬爾科夫網(wǎng)絡(luò)分析和自由能計(jì)算等六大功能模塊。軟件支持傳統(tǒng)的自適應(yīng)采樣方法和我們最近提出的混合副本采樣方法。開(kāi)展該項(xiàng)目工作有三個(gè)重大意義。首先，我們可以減少長(zhǎng)期以來(lái)形成的對(duì)國(guó)外軟件的嚴(yán)重依賴(lài)，避免潛在的軟件禁用風(fēng)險(xiǎn)，進(jìn)一步提高科研自主性。其次，開(kāi)發(fā)國(guó)產(chǎn)分子模擬軟件方便國(guó)內(nèi)科研人員交流協(xié)作，發(fā)展更多原創(chuàng)算法。最后，依靠自行發(fā)展的采樣方法和模擬軟件，我們能夠獲得可靠的采樣數(shù)據(jù)，為深入研究生物大分子的結(jié)構(gòu)-功能關(guān)系提供有力保障。

關(guān)鍵詞

分子動(dòng)力學(xué)模擬;GPU加速;自由能計(jì)算;增強(qiáng)采樣方法;馬爾科夫模型

線上墻報(bào)僅限年會(huì)已繳費(fèi)參會(huì)代表觀看。

您還沒(méi)有登錄，請(qǐng)您先 點(diǎn)擊這里登錄