分會

第三十二分會：化學生物學

摘要

金屬離子在病毒的生命周期中扮演著不可或缺的角色，它們不僅在維持病毒結(jié)構的穩(wěn)定性方面具有重要作用，而且與病毒感染宿主的致病性機制有關，例如相關蛋白的催化和激活，病毒逆轉(zhuǎn)錄和RNA的成熟。從蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫（PDB）的含病毒的蛋白結(jié)構中經(jīng)常會觀察到鋅，鈣，鎂和錳這四種金屬離子。然而，在這些蛋白結(jié)構中，普遍存在金屬結(jié)合環(huán)境的次優(yōu)建模甚至對金屬離子的不正確表征。因此，我們開發(fā)了一種新算法對病毒結(jié)構中的金屬結(jié)合位點進行了系統(tǒng)地驗證，建立了病毒結(jié)構中高質(zhì)量金屬結(jié)合位點的基準數(shù)據(jù)集。我們還對病毒中的金屬結(jié)合位點進行了系統(tǒng)的結(jié)構預測和注釋。每個金屬結(jié)合位點的注釋內(nèi)容包括該位點的配位模式，永久性的還是臨時的，結(jié)構性還是催化性的。我們的數(shù)據(jù)集提供了可靠的資源，為進一步研究病毒中金屬依賴的發(fā)病機理，以及針對此類病毒感染的治療藥物的開發(fā)提供了結(jié)構基礎。

關鍵詞

金屬結(jié)合位點;注釋;結(jié)構預測;數(shù)據(jù)集

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