分會(huì)

第三十二分會(huì)：化學(xué)生物學(xué)

摘要

金屬離子在病毒的生命周期中扮演著不可或缺的角色，它們不僅在維持病毒結(jié)構(gòu)的穩(wěn)定性方面具有重要作用，而且與病毒感染宿主的致病性機(jī)制有關(guān)，例如相關(guān)蛋白的催化和激活，病毒逆轉(zhuǎn)錄和RNA的成熟。從蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)（PDB）的含病毒的蛋白結(jié)構(gòu)中經(jīng)常會(huì)觀察到鋅，鈣，鎂和錳這四種金屬離子。然而，在這些蛋白結(jié)構(gòu)中，普遍存在金屬結(jié)合環(huán)境的次優(yōu)建模甚至對(duì)金屬離子的不正確表征。因此，我們開(kāi)發(fā)了一種新算法對(duì)病毒結(jié)構(gòu)中的金屬結(jié)合位點(diǎn)進(jìn)行了系統(tǒng)地驗(yàn)證，建立了病毒結(jié)構(gòu)中高質(zhì)量金屬結(jié)合位點(diǎn)的基準(zhǔn)數(shù)據(jù)集。我們還對(duì)病毒中的金屬結(jié)合位點(diǎn)進(jìn)行了系統(tǒng)的結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)和注釋。每個(gè)金屬結(jié)合位點(diǎn)的注釋內(nèi)容包括該位點(diǎn)的配位模式，永久性的還是臨時(shí)的，結(jié)構(gòu)性還是催化性的。我們的數(shù)據(jù)集提供了可靠的資源，為進(jìn)一步研究病毒中金屬依賴的發(fā)病機(jī)理，以及針對(duì)此類病毒感染的治療藥物的開(kāi)發(fā)提供了結(jié)構(gòu)基礎(chǔ)。

關(guān)鍵詞

金屬結(jié)合位點(diǎn);注釋;結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè);數(shù)據(jù)集

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